Una organización llamada Chornos gobierna entre la obras y tiene a un grupo de asesinos llamados Nombers. Uno de estos asesinos es el numero 13, Train Heartnet, conocido como Black Cat y la historia comienza antes de que conozca a una chica que viste con un kimono llamada Saya Minatsuki y que lo ayuda a ver lo que realmente quiere, libertad y no matar a nadie más. Trian decide dejar Chronos cosa que hizo que lo persiguieran y Creed, su ex-compañero que esta obsesionado por el, mata a Saya diciendo que es una bruja que hechizo a Train.
En otro lado, casi al mismo tiempo en la que se desarrolla la historia de Train. Vemos a un casa-recompensas que se muere de hambre y ya a tenido un encuentro con Train antes. Una joven y hermosa chica le convence de ir a recatar a su "hermana" que fue secuestrada. lo cual es una mentira, la chica es un experimento de Nanotecnología, llamada Eve, y quería conseguir los datos de ella. Da la concidencia que Black Cat tenia la misión de matarla pero, como ya había conocido a Saya, por primera vez en su vida no mato a su objetivo y Eve empezó a vivir con el casa-recompensas llamado Sven.
Después de la muerte de Saya, Sven y Eve encuentran mal herido a Train así que lo salvan. Desde entonces los tres viajan juntos como casa-recompensas.